نظم القانون الداخلي والتنظيم الهيكلي ومقترح المحكمة الادارية أجهزة الهيئة الوطنية للوقاية من التعذيب وفقا للترتيب التالي:
- مجلس هيئة
- جهاز تنفيذي
- جهاز وظيفي يتكون من اللجان والوحدات التالية:
- لجنة الزيارات
- لجنة التقصي
- لجنة التوعية والتكوين
- لجنة المرأة والطفولة وذوي الاحتياجات الخاصة
- لجنة العلاقة مع المجتمع المدني والجهات المعنية
- لجنة بحوث والدراسات
- لجنة التشريع والتقارير
- وحدة الاتصال
- وحدة التدقيق الداخلي
الجمهورية التونسية